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OBJETIVO: Descrever a incidência e a epidemiologia da infecção hospitalar em recém-nascidos internados em unidade de terapia intensiva neonatal de um hospital no sul de Santa Catarina. MÉTODOS: Foi realizado um estudo de coorte prospectivo durante 1 ano, com 239 neonatos que permaneceram internados após 48 horas da admissão. Os critérios utilizados para diagnóstico de infecção estiveram de acordo com os preconizados pelo Center for Disease Control and Prevention e pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária. RESULTADOS: A incidência de infecção hospitalar foi de 45,8%, sendo a infecção primária na corrente sanguínea o principal motivo de internação (80,7%), seguida da pneumonia (6,7%). O Staphylococcus coagulase negativo foi o agente mais encontrado nas hemoculturas e como colonizante na unidade estudada. A prematuridade foi o motivo de internação prevalente. A taxa de mortalidade geral foi de 12,1%, e a mortalidade por infecção nosocomial foi de 33,8%. CONCLUSÕES : A incidência de infecção nosocomial na unidade estudada está acima da reportada por outros estudos nacionais, sendo a infecção primária na corrente sanguínea e a pneumonia os principais sítios de infecção hospitalar.